Tháng 11-1885, công việc đổ đất, cạp hồ Gươm và lấp các chỗ trũng. Toàn quyền De Lanessan ra lệnh đốt các nhà lá quanh hồ.

Năm 1888, Pháp đã phá hủy chùa để xây nhà bưu điện (nay là Bưu điện Thành phố Hà Nội) và Phủ Thống sứ Bắc Kỳ (nay là Nhà khách Chính phủ). Chỉ còn Tháp Hòa Phong phía sau chùa còn giữ lại, nay ở trên bờ hồ Hoàn Kiếm. Vì chùa có hào nước trồng sen bao quanh nên chùa còn có tên Liên Trì, có nghĩa là "Ao sen".

Đêm 22-1-1891, 300 nóc nhà ở Cầu Gỗ, Hàng Bè, Hàng Mắm, Hàng Thùng, Hàng Vôi đã cháy trụi. Đêm 28-1-1891, vụ cháy thứ hai tiêu hủy cả thôn Cự Lâu. Chùa Báo Ân chỉ là mảnh đất hoang tàn.

Theo một bức ảnh được sưu tầm chụp mặt trước của chùa thì trên cổng Tam Quan của chùa có bốn chữ trên bảng là "Phương Tiện Pháp Môn" (方便法門), chữ Nho ngày xưa viết ngược từ phải qua trái, trích từ Kinh Pháp Hoa nhà Phật, ý nói "Cách dễ dàng để đạt được Phật pháp", "Đây là cánh cổng mà bước vào thì dễ dàng đạt pháp". "Phương Tiện Pháp Môn" còn có nghĩa thứ hai là "Các thức dễ dàng để đạt mục đích".

Có cái lạ là tuy tên tháp là Hòa Phong nhưng tuyệt không thấy chỗ nào ghi là Hòa Phong cả.

Dòng chữ phía dưới cùng là: Báo Ân Môn (門 恩 報) viết kiểu Khải thư

Dòng chữ phía trên cùng lại là: Báo Thiên Tự (寺 天 報) viết kiểu Khải thư

Chữ ở giữa viết kiểu Triện Văn hình như chữ Phật.

Chứng tỏ chữ Môn này dùng chung cho chùa này.